První historické zprávy o dvorci s mlýnem na pravém břehu řeky Berounky pocházejí již z roku 1263. Od 14. století tento dvůr patřil karlštejnskému panství. Součástí mlýnského areálu byla i kovárna a uprostřed dvora stál věžovitý holubník, který se zachoval dodnes. Poslední mlynář na mlýně působil až do roku 1949.Od roku 1990 byl mlýnský objekt provozován jako hotel a začal být vyhledáván jako komfortní ubytování v okolí hradu Karlštejn. V roce 2002 byla budova hotelu kompletně přestavěna, restaurace a pokoje zrekonstruovány. V srpnu téhož roku hotel zasáhla povodeň – 500 letá voda – a Hotel Mlýn byl znovu uveden do provozu v květnu roku 2003.
